Bajo este epígrafe se agrupan el resto de bacterias del dominio Bacteria
En otras líneas filogenéticas se incluyen bacterias muy diversas, descritas por secuencia directa de su ARN y por tanto poco conocidas, como ocurre con Nitrospira. Otras que carecen de peptidoglucano en su pared celular, como es el caso de Chlamydia y Plantomicetos, otras que recuerdan a las bacterias con prosteca, Verrucomicrobios, o que presentan esfingolípidos en su membrana, Flavobacterias.
Se incluyen tambien los microorganismos mas antiguos desde el punto de vista evolutivo y que por tanto ocupan las ramas mas cortas en el árbol filogenético y las mas próximas a la base del mismo, tal es el caso de Deinococos, Thermotoga, Aquifex y Thermodesulfobacterium. No se incluyen las bacterias verdes no del Azufre, ya estudiadas en el grupo de Fotosintéticas no Proteobacterias.
Estos microorganismos presentan una serie de características derivadas de un proceso de evolución lento, tales como Hipertermofilia y resistencia a otras condiciones extremas de radiación o pH, Quimiolitotrofia del Hidrógeno, genomas pequeños o presencia de moléculas que han desaparecido en el resto de los seres vivos, heredadas de sus antepasados. Son por tanto los organismos mas parecidos a los primeros que habitaron la Tierra que necesariamente estaban adaptados a las condiciones primigenias que presentaba nuestro planeta, tales como, atmósfera reductora, temperaturas superiores a los 100ºC o ausencia de Ozono
